El IES Juan de Aréjula comenzó a funcionar en enero de 1980 como sección delegada del Instituto de Formación Profesional de Puente Genil. En 1982 se convirtió en Instituto de Formación Profesional de Lucena, en el que se impartían la rama Administrativa y el primer grado de las ramas de Automoción y Electricidad. En el curso 86-87 inicia su andadura la rama Sanitaria y en el curso 88-89 se aumenta la oferta educativa con los segundos grados de las ramas de Automoción y Sanitaria.
 
     A principios de la década de los 90 el Instituto –que en 1988 pasó a llamarse IFP Juan de Aréjula– tenía casi 1.000 alumnos y su oferta educativa se había consolidado. Las instalaciones se habían quedado pequeñas y fueron necesarios diversos reajustes de espacio y ampliaciones que, con el tiempo, resultaban insuficientes. En el curso 1997-98 el antiguo IFP comenzó a denominarse IES. Al año siguiente se impartía ya la ESO, y las nuevas enseñanzas convivieron con las antiguas, hasta que estas se extinguieron en el curso 2001-2002. A partir del curso 99-2000 se consolidan los cuatro cursos de la ESO, y se van implantando los Bachilleratos, los Ciclos Formativos de Administrativo, Sanitaria y Automoción (tanto en el grado medio como en el superior), y el Plan de Garantía Social de Servicios Auxiliares de Oficina.
 
      En el curso 2004-2005 se amplía la oferta con el ciclo de grado medio de Cocina y Gastronomía, cuyo espacio físico será el edificio de la Escuela de Turismo Interior y Hostelería. En el curso 2007-2008, en colaboración con la Consejería de Empleo, comenzó a impartirse el Ciclo Formativo de Grado Medio de Instalaciones Frigoríficas y de Climatización, ubicado en el complejo Los Santos. En la actualidad el ciclo se ha trasladado a otro IES. En el 2008-2009 se implantan las enseñanzas del Programa de Cualificación Profesional Inicial (PCPI) de Auxiliar de Gestión Administrativa (hoy desaparecido) y el Curso de Preparación a la Prueba de Acceso a Ciclos Formativos de Grado Superior (hoy desaparecido). En el curso 2009-10 se implantó el Ciclo Formativo de Grado Superior que en la actualidad se denomina Diseño y Amueblamiento, en colaboración de la Consejería de Empleo. Este Ciclo está ubicado en la Escuela de la Madera de Encina Reales. En el curso 2013-2014 comenzó a impartirse el Ciclo Formativo de Grado Medio de Emergencias Sanitarias; y en el curso 2014-15, las enseñanzas de Formación Profesional Básica de Servicios Administrativos y el Programa Específico de Formación Profesional Básica de Cocina y Restauración. En el año académico 2016-17 comienza a impartirse el Curso de Acceso a Ciclos Formativos de Grado Medio.

     El IES Juan de Aréjula es un instituto consolidado, con historia, en el que se han formado miles de personas que en la actualidad desarrollan su labor profesional en Lucena y la comarca. En el curso 2010-2011 finalizaron las obras de remodelación del instituto. Se construyeron nuevos edificios: uno destinado a la ESO y zona administrativa, nuevo edificio de Automoción, un gimnasio y pistas deportivas; y los otros edificios fueron también remodelados. Si bien se ha visto ampliado el espacio, aún quedan por desarrollar algunos módulos para impartir una enseñanza de calidad acorde con los nuevos retos del siglo XXI.